有机肥生产工艺流程和有机肥生产线设备配置息息相关，一般有机肥生产线成套设备主要由发酵系统，干燥系统，除臭除尘系统，粉碎系统，配料系统，混合系统，造粒系统，筛分系统和成品包装系统组成。

一半的有机肥生产工艺流程设计包括：

1、复合菌种及其扩繁技术。

2、原料调配技术与生物发酵系统。

3、专用肥配方技术（可以灵活根据当地的土壤与作物特点，设计组合的产品配方）。

4、合理的二次污染（废气与臭气）控制技术。

5、制肥成套工艺设备设计制造技术。